Das Entdeckungsdatum der Insel wird kontrovers diskutiert, obgleich man weiß, dass Flores später als die anderen Inseln der Azoren entdeckt wurde. Es heißt, dass Flores im Jahr 1452 von Diogo de Teive und seinem Sohn gesichtet wurde. Ursprünglich hieß die Insel São Tomás oder Santa Iria, wurde aber schon bald in Flores umbenannt, was wörtlich übersetzt "Blumen" bedeutet, da die ganze Insel mit einer Fülle von Wildblumen bedeckt war, deren Samen wahrscheinlich aus Nordamerika von Wandervögeln "eingeflogen" wurden. Entlegen von den übrigen Inseln der Azoren und mit geringem Exportaufkommen war Flores für Jahrhunderte vom Weltgeschehen isoliert. Die Entwicklung der Landwirtschaft und der Viehzucht, die Verbesserung der Hafenanlagen, der Bau eines Flughafens und das Vorhandensein einer französischen Satellitenüberwachungsstation sind jüngste Ereignisse, die der Insel neue Horizonte des Fortschritts eröffnet haben.